ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ โดยเฉพาะในเภสัชกรรมและสารเคมีเกษตร หมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์ของมันทำปฏิกิริยาได้ง่ายกับอะมีนและแอลกอฮอล์ ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างอนุพันธ์ซัลโฟนาไมด์และเอสเตอร์ซัลโฟเนต ใช้กันทั่วไปในการพัฒนาตัวยับยั้งคินาสและการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมายอื่นๆ ในเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโพรบเรืองแสงและสีย้อม เนื่องจากแกนไอโซควิโนลีนมีคุณสมบัติทางโฟโตฟิสิกส์ที่เหมาะสม หมู่คลอโรช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาครอสคัปปลิ้ง ซึ่งเพิ่มประสิทธิภาพในการประกอบโมเลกุลซับซ้อน