ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฐานไอโซควิโนลีน โครงสร้างที่ได้รับการป้องกันช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาเลือกที่ได้ที่ตำแหน่งเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์หลายขั้นตอน ใช้กันทั่วไปในเคมีทางการแพทย์เพื่อสร้างฮีเทอโรไซเคิลที่มีไนโตรเจนซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ รวมถึงสารออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลางและตัวยับยั้งเอนไซม์ กลุ่มอะมีนที่ป้องกันด้วย Boc สามารถถอดการป้องกันได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้เหมาะสำหรับกลยุทธ์การเชื่อมต่อแบบเปปไทด์และการผลิตห้องสมุดคอมบิเนตอริอัล