ใช้เป็นสารตัวกลางในกระบวนการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการปรับแต่งเฉพาะเจาะจง ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบ heterocyclic ซับซ้อนสำหรับการค้นพบยา ใช้บ่อยในปฏิกิริยา cross-coupling เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig aminations เพื่อนำกลุ่ม aryl หรือ amine เข้าไป นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียม fluorescent probes และ ligands สำหรับการศึกษาการจับกับตัวรับ เนื่องจากแกน isoquinoline ที่แข็งและจุดจับ bromine สำหรับการปรับแต่งเพิ่มเติม