ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งไคเนสสำหรับการรักษาโรคมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถจับติดแบบเลือกเฉพาะกับเป้าหมายเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางการส่งสัญญาณในเซลล์ ใช้กันอย่างแพร่หลายในเคมีทางการแพทย์เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับสารประกอบเฮเตอโรไซคลิกที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยสำหรับการออกแบบโพรบเรืองแสง เนื่องจากแกนไอโซควิโนลีนของมันแสดงคุณสมบัติทางโฟโตฟิสิกส์ที่เหมาะสม