7-(Trifluoromethyl)isoquinoline ถูกใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ กลุ่ม trifluoromethyl ของมันช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของยาที่มีศักยภาพ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างยารักษาโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโครงสร้างเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งจำเป็นในเคมียารักษา โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันยังพบการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการพัฒนาวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ขั้นสูง