6-(Trifluoromethyl)isoquinoline ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลาง กลุ่ม trifluoromethyl ของมันช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของยาที่เป็นผู้สมัคร นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตรเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพดีขึ้น ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับวัสดุอินทรีย์ขั้นสูง รวมถึงผลึกเหลวและโพลิเมอร์ที่มีคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์ที่เป็นเอกลักษณ์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโครงสร้างเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อนในเคมียารักษาโรค