1,4-Dibromoisoquinoline ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาต่าง ๆ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา โมเลกุลนี้มีบทบาทสำคัญในการสร้างอนุพันธ์ไอโซควินโอลีน ซึ่งถูกสำรวจสำหรับคุณสมบัติต้านมะเร็ง ต้านจุลชีพ และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ช่วยในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกลไก อะตอมโบรมีนทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการปรับแต่งเพิ่มเติมในการค้นพบยาและการประยุกต์ใช้วัสดุศาสตร์