สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยเภสัชกรรม มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนา peptidomimetics และสารประกอบชีวภาพอื่น ๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีกลุ่มปกป้อง tert-butoxycarbonyl (Boc) ทำให้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์ ซึ่งต้องการการถอดกลุ่มปกป้องแบบเลือกสรร นอกจากนี้ โครงสร้างสแคฟโฟลด์ isoindole มักถูกสำรวจในการออกแบบตัวยับยั้งที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับ ซึ่งมีส่วนช่วยในการค้นพบยา คุณสมบัติ stereochemistry ของสารประกอบนี้ยังช่วยให้สามารถสร้างโมเลกุล chiral ได้ ซึ่งสำคัญต่อการผลิตยาที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์