2-(tert-Butoxycarbonyl)isoindoline-1-carboxylic acid ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นตัวตั้งต้นหรือสารตัวกลางที่ได้รับการป้องกันในการสร้างโครงสร้างไอโซอินโดลีนของสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ ซึ่งมักพบในยารักษาโรคทางระบบประสาทหรือโรคมะเร็ง กลุ่ม tert-butoxycarbonyl (Boc) ช่วยป้องกันหมู่อะมีนอย่างย้อนกลับได้ภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์แบบหลายขั้นตอน มีคุณค่าต่อการพัฒนายา เช่น ยับยั้งโปรติเอสและตัวกระตุ้นตัวรับ ที่ต้องการความแม่นยำทางโครงสร้าง ความเสถียรของสารช่วยให้ใช้ได้ทั้งในวิธีสังเคราะห์แบบเฟสของแข็งและแบบสารละลาย