1H-Isoindol-3-amine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านการออกแบบและสังเคราะห์สารตั้งต้นสำหรับยาที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการใช้สารนี้ในการพัฒนายาต้านมะเร็งและยาที่มีผลต่อระบบประสาท เนื่องจากมีโครงสร้างที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียง