เมทิล 3-ออกโซไอโซอินโดลีน-4-คาร์บอกซิเลต ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาและสารประกอบชีวภาพ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างอนุพันธ์ไอโซอินโดลีน ซึ่งมักถูกสำรวจสำหรับคุณสมบัติทางรักษาที่มีศักยภาพ สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้บ่อยในการสังเคราะห์โมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท มะเร็ง และการอักเสบ เนื่องจากความสามารถในการทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับระบบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในสถานที่วิจัยเพื่อศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรมในกระบวนการค้นพบยา ช่วยในการปรับปรุงสารนำให้มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรที่เพิ่มขึ้น