4-Chloro-3-(trifluoromethyl)phenyl isocyanate ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา กลุ่มไอโซไซยาเนตที่ทำปฏิกิริยาได้ง่ายช่วยให้สามารถสร้างพันธะยูรีเทนหรือยูเรีย ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างส่วนประกอบที่ใช้งานได้ซึ่งกำหนดเป้าหมายไปยังศัตรูพืชหรือโรคเฉพาะ นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีพิเศษ รวมถึงโพลิเมอร์และสารเคลือบผิว ซึ่งช่วยเพิ่มความทนทานและประสิทธิภาพ กลุ่ม trifluoromethyl ของมันมอบคุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ เช่น ความเสถียรที่เพิ่มขึ้นและ bioavailability ซึ่งมีประโยชน์ในการออกแบบยาและสูตรป้องกันพืช