3-Methoxyphenyl isocyanate ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี มักใช้ในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) เนื่องจากความสามารถในการทำปฏิกิริยากับเอมีน แอลกอฮอล์ และนิวคลีโอไฟล์อื่นๆ สร้างยูรีเทน ยูเรีย และอนุพันธ์อื่นๆ

ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมี ใช้เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับสร้างสารกำจัดศัตรูพืชและสารกำจัดวัชพืช โดยกลุ่มไอโซไซยาเนตช่วยในการก่อตัวของคาร์บาเมตและโมเลกุลที่ถูกฟังก์ชันนาลิซ์อื่นๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษ เช่น สีย้อมและสารเคลือบผิว ซึ่งความสามารถในการสร้างพันธะที่มั่นคงกับสารประกอบอื่นๆ ช่วยเพิ่มคุณสมบัติของวัสดุ เช่น ความทนทานและการยึดเกาะ

การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยและพัฒนา ซึ่งใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสำรวจปฏิกิริยาเคมีและเส้นทางใหม่ๆ สนับสนุนความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์เคมี