เอทอกซีคาร์บอนิลไอโซไซยาเนตถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นสารเคมีหลักในการก่อตัวของคาร์บาเมตและยูเรีย ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในส่วนประกอบที่ใช้งานได้หลายชนิด ในงานวิจัยเภสัชกรรม มันถูกนำมาใช้ในการปรับเปลี่ยนหรือเพิ่มหน้าที่ให้กับโมเลกุล เพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียร นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาโพลิเมอร์และสารเคลือบผิว โดยทำหน้าที่เป็นสารเชื่อมขวางเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติของวัสดุ ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับอะมีนและแอลกอฮอล์ทำให้มันเป็นสารกลางที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์