3,5-Dimethoxyphenyl isocyanate นิยมใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากกลุ่มไอโซไซยาเนตสามารถทำปฏิกิริยาได้ดีกับสารประกอบที่มีกลุ่มไฮดรอกซิลหรือเอมีน ทำให้เกิดการสร้างพันธะยูรีเทนหรือยูเรีย ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในหลายๆ ยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตโพลิเมอร์เฉพาะทางและสารเคลือบผิวที่มีความทนทานสูง อีกทั้งยังมีบทบาทในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีเพื่อการเกษตร เช่น การสังเคราะห์สารกำจัดศัตรูพืชหรือสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช