ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิก โดยเฉพาะในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและยาบางชนิด เนื่องจากหมู่ไอโซไซยาเนตมีความไวต่อการเกิดปฏิกิริยากับสารที่มีหมู่อะมิโนหรือหมู่ไฮดรอกซิล ทำให้สามารถนำไปต่อเติมโครงสร้างโมเลกุลได้ง่าย นิยมใช้เป็นตัวตั้งต้นในการสร้างยูเรีย หรือยูรีทานที่มีโครงสร้างเฉพาะ ซึ่งมีคุณสมบัติทางชีวภาพ เช่น ฤทธิ์ต้านจุลชีพหรือต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมียาเพื่อพัฒนาสารใหม่ที่มีศักยภาพทางเภสัชกรรม