6-Methoxyisochroman-3-one ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพทางชีวภาพ เช่น สารต้านการอักเสบหรือสารต้านจุลชีพ นอกจากนี้ยังเป็นหน่วยก่อสร้างพื้นฐานในการผลิตผลิตภัณฑ์ธรรมชาติที่ซับซ้อนและเคมีภัณฑ์ละเอียด การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการวิจัยและพัฒนาในเคมีเภสัชกรรม ซึ่งช่วยในการสำรวจผู้สมัครยาใหม่ๆ