SP Sephadex ใช้ในการแยกและทำให้บริสุทธิ์โปรตีนและเปปไทด์ที่มีประจุบวก เนื่องจากมีกลุ่ม sulfopropyl ที่ให้ประจุลบ ทำให้สามารถจับกับโมเลกุลที่มีประจุบวกได้อย่างมีประสิทธิภาพ มักใช้ในกระบวนการโครมาโตกราฟีแบบแลกเปลี่ยนไอออน (Ion Exchange Chromatography) เพื่อแยกโปรตีนตามความแตกต่างของประจุไฟฟ้า นอกจากนี้ยังใช้ในขั้นตอนการทำให้โปรตีนบริสุทธิ์ในงานวิจัยทางชีวเคมีและชีวเภสัชกรรม รวมถึงการเตรียมตัวอย่างสำหรับการวิเคราะห์ทางวิทยาศาสตร์ เช่น การวิเคราะห์ด้วยเทคนิค SDS-PAGE หรือ Mass Spectrometry