ฟลูนาริซีนถูกใช้ในการรักษาและป้องกันอาการปวดศีรษะไมเกรน โดยช่วยลดความถี่และความรุนแรงของการเกิดไมเกรน นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาอาการเวียนศีรษะและปัญหาการทรงตัวที่เกี่ยวข้องกับระบบไหลเวียนเลือดในหูชั้นใน ยานี้ทำงานโดยการขยายหลอดเลือดและปรับปรุงการไหลเวียนเลือดในสมอง ช่วยลดอาการที่เกิดจากการหดตัวของหลอดเลือดในสมอง ฟลูนาริซีนยังมีฤทธิ์ต้านแคลเซียมซึ่งช่วยในการป้องกันการหดตัวของหลอดเลือดและลดการส่งสัญญาณประสาทที่เกี่ยวข้องกับอาการปวดศีรษะ อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้ควรอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงเช่น อาการง่วงซึม หรือน้ำหนักเพิ่มได้