3,4-Dimethoxybenzimidamide hydrochloride เป็นสารเคมีที่ใช้ในการวิจัยทางเภสัชวิทยาและเคมีชีวภาพ โดยเฉพาะในการศึกษาการออกแบบและพัฒนายา เนื่องจากมีโครงสร้างที่สามารถทำปฏิกิริยากับเป้าหมายทางชีวภาพได้อย่างเฉพาะเจาะจง มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค เช่น ยาต้านไวรัสหรือยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการศึกษากลไกการออกฤทธิ์ของยาและการค้นหาตัวยาใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูง