ใช้ไฮโดรพรีนเป็นสารควบคุมกำจัดแมลงชนิดหนึ่ง โดยทำหน้าที่เลียนแบบฮอร์โมนการเจริญเติบโตของแมลง (juvenile hormone) ซึ่งช่วยหยุดยั้งการพัฒนาของแมลงในระยะตัวอ่อนให้กลายเป็นตัวเต็มวัย ส่งผลให้แมลงไม่สามารถเจริญเติบโตหรือสืบพันธุ์ได้ นิยมใช้ในระบบควบคุมแมลงศัตรูบ้านเรือน เช่น มด ปลวก หมัด และเห็บ โดยเฉพาะในผลิตภัณฑ์สำหรับฉีดพ่นหรือเหยื่อเหยื่อแมลง นอกจากนี้ยังใช้ในพื้นที่เกษตรกรรมเพื่อควบคุมแมลงศัตรูพืชบางชนิด โดยเฉพาะในพืชที่ต้องการความปลอดภัยต่อผู้บริโภคและสิ่งแวดล้อม เนื่องจากไฮโดรพรีนมีความเป็นพิษต่ำต่อมนุษย์และสัตว์เลี้ยง จึงเหมาะสำหรับใช้ในพื้นที่ที่มีคนอาศัยอยู่ เช่น บ้าน โรงเรียน และโรงพยาบาล และยังย่อยสลายได้ง่ายในธรรมชาติ ทำให้มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมน้อยเมื่อเทียบกับสารกำจัดแมลงชนิดอื่น