6-Chloro-1-methylindolin-2-one ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์อนุพันธ์อินโดล ซึ่งมีคุณสมบัติทางเภสัชวิทยาที่สำคัญ สารเคมีนี้มักถูกนำมาใช้ในการสร้างผู้สมัครยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาท มะเร็ง และการอักเสบ เนื่องจากโครงสร้างที่คล้ายคลึงกับอัลคาลอยด์อินโดลที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และการจับกับตัวรับ ซึ่งช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่ๆ บทบาทของมันในเคมีเภสัชกรรมทำให้เป็นสารประกอบที่มีคุณค่าสำหรับการพัฒนาการค้นพบและพัฒนายา