6-Bromo-7-fluoroindoline-2,3-dione ใช้หลักในการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของสารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับโรค เช่น มะเร็งและโรคทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังใช้ในการสร้างโพรบเรืองแสงสำหรับการศึกษาทางชีวเคมี เพื่อช่วยในการแสดงภาพและวิเคราะห์กระบวนการในเซลล์ ส่วนประกอบโบรมีนและฟลูออรีนที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยเพิ่มปฏิกิริยา ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการค้นคว้าและพัฒนายา