6-Fluoroindoline ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและการวิจัยทางเคมี เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายโรคทางระบบประสาทและจิตเวช โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่โต้ตอบกับตัวรับเซโรโทนิน ทำให้มีประโยชน์ในการออกแบบยาต้านซึมเศร้าและยาแก้โรคจิต นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งจำเป็นในเคมียารักษาเพื่อค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่ๆ อะตอมฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบที่ได้ ทำให้เป็นบล็อกสร้างที่มีคุณค่าในการค้นพบยา