6-Methoxyindoline เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น มีบทบาทสำคัญในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยใช้ในการพัฒนายาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่มีผลทางบำบัด เช่น ยาต้านซึมเศร้า ยารักษาโรคจิต และตัวแทนทางระบบประสาทอื่นๆ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างกรอบโครงสร้างแบบ indole ซึ่งจำเป็นในการศึกษาผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติและโมเลกุลชีวภาพ กลุ่มเมทอกซี่ของมันช่วยเพิ่มความตอบสนอง ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในเคมีสังเคราะห์