4,6-Difluoroindoline hydrochloride ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพต่าง ๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท เช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายาต้านมะเร็งที่มีศักยภาพ โดยอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความถี่ในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นักวิจัยยังนำมาใช้ในการศึกษากลไกการยับยั้งเอนไซม์ เพื่อช่วยค้นพบยารักษาใหม่ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยมีส่วนช่วยในการออกแบบวัสดุอินทรีย์ขั้นสูงที่มีคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์เฉพาะ