Methyl 5-fluoro-1H-indole-3-carboxylate ถูกนำมาใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะสารที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง โครงสร้างแกนอินโดลของมันมักถูกนำเข้าไปในโมเลกุลที่ออกแบบมาเพื่อโต้ตอบกับตัวรับหรือเอนไซม์ในร่างกาย ทำให้มีคุณค่าในการค้นพบยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมเรืองแสงและโพรบสำหรับการถ่ายภาพทางชีวภาพ เพื่อช่วยในการศึกษากระบวนการเซลล์ การแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบที่ได้ ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในเคมียารักษา โดยเฉพาะในกลุ่มสารประกอบอินโดลที่มีศักยภาพในการพัฒนายาต้านมะเร็ง ยาต้านจุลชีพ และยารักษาโรคทางระบบประสาท