เมทิล 4-คลอโร-1H-อินโดล-3-คาร์บอกซิเลต ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางที่หลากหลายสำหรับการพัฒนาสารประกอบอินโดลที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ สารเคมีนี้มักใช้ในการเตรียมโมเลกุลที่อาจแสดงคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ ต้านการอักเสบ หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการศึกษาสารประกอบฐานอินโดล ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษาเนื่องจากพบในผลิตภัณฑ์ธรรมชาติและยาหลายชนิด นักวิจัยยังใช้ในการสำรวจปฏิกิริยาเคมีและเส้นทางใหม่ๆ สนับสนุนความก้าวหน้าในวิธีการสังเคราะห์