5-Chloro-6-fluoro-1H-indole ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยเภสัชภัณฑ์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างแกน indole ของมันทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาผู้สมัครยา โดยเฉพาะในสาขามะเร็งวิทยาและระบบประสาท นักวิจัยใช้มันในการสร้างสารประกอบที่อาจเล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางของโรค นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงหรือวัชพืชใหม่ โครงสร้างที่ถูกฮาโลเจนทำให้เพิ่มความตอบสนอง ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ ในวิทยาศาสตร์วัสดุ มันมีส่วนช่วยในการพัฒนาโพลิเมอร์เฉพาะหรือสีย้อมที่มีคุณสมบัติพิเศษ