5-FluoroIsatin ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในสาขาเคมีเภสัชกรรมในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายับยั้งที่กำหนดเป้าหมายไปยังเอนไซม์เฉพาะ เช่น คินาส ซึ่งมีบทบาทสำคัญในเส้นทางสัญญาณเซลล์ สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างตัวยาต้านมะเร็งที่มีศักยภาพ โดยใช้ความสามารถในการโต้ตอบกับ DNA และโปรตีนเพื่อยับยั้งการขยายตัวของเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ 5-FluoroIsatin ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการออกแบบยาต้านจุลินทรีย์และต้านไวรัส สนับสนุนการต่อสู้กับสายพันธุ์ที่ดื้อยาของแบคทีเรียและไวรัส ความยืดหยุ่นในการสังเคราะห์อินทรีย์ของมันยังขยายไปถึงการผลิตสีย้อมเรืองแสงและเซ็นเซอร์ ซึ่งใช้ในงานทดสอบทางชีวเคมีและการวินิจฉัย