4-Fluoro-5-iodo-1H-indole ถูกนำมาใช้ในด้านการวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีทั้งฟลูออรีนและไอโอดีน ซึ่งสามารถปรับปรุงคุณสมบัติทางกายภาพและเคมีของสารได้ โครงสร้างแกน indole ช่วยให้สามารถโต้ตอบกับตัวรับทางชีวภาพต่างๆ เพิ่มศักยภาพในการค้นพบยา มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนสำหรับการทดสอบทางชีวภาพ เช่น การออกแบบยาที่มีเป้าหมายเฉพาะเจาะจงสำหรับโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง หรือการพัฒนาสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการสร้างสารเรืองแสง โปรบเรืองแสง และตัวตรวจสอบสำหรับการทดลองทางชีววิทยาโมเลกุล เพื่อช่วยในการศึกษากระบวนการทางชีวภาพในระดับโมเลกุล คุณสมบัติพิเศษของมันยังทำให้เป็นตัวเลือกสำหรับการใช้งานในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะการพัฒนาเซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์และไดโอดแสงสว่าง