โซเดียม 5-บรอโม-6-คลอโร-1H-อินโดล-3-อิล ฟอสเฟต ถูกใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีเป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการทดสอบเอนไซม์ มีบทบาทสำคัญในการศึกษากิจกรรมของฟอสฟาทาส โดยเฉพาะในการตรวจจับและวัดปริมาณจลนศาสตร์ของเอนไซม์ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาการทดสอบแบบฟลูออเรสเซนส์ โดยที่ผลิตภัณฑ์ย่อยสลายสามารถวัดได้เพื่อประเมินการทำงานของเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์อินโดลที่ซับซ้อนมากขึ้น ซึ่งมีคุณค่าในการวิจัยทางเภสัชกรรมสำหรับการค้นพบและพัฒนายา ความเสถียรและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการสำรวจเส้นทางสัญญาณเซลล์และกระบวนการเมแทบอลิซึม เนื่องจากโครงสร้างอินโดลที่พบในสารประกอบทางเภสัชกรรมที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็งหรือต้านการอักเสบ