5-Bromo-1H-indol-6-amine ใช้ในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนาเภสัชภัณฑ์และสารประกอบชีวภาพ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตอนุพันธ์ indole ซึ่งมีความสำคัญในการค้นพบยาเนื่องจากมีคุณสมบัติทางรักษาที่มีศักยภาพ ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท มะเร็ง และโรคติดเชื้อ กลุ่มฟังก์ชันบรอมโมและอะมิโนทำให้มีความยืดหยุ่นสำหรับการดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติม สามารถสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ