1-Boc-4-aminoindole ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมี โดยเฉพาะในการผลิตสารตั้งต้นสำหรับยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โครงสร้างของสารนี้มีกลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ที่ช่วยในการป้องกันกลุ่มเอมีนระหว่างขั้นตอนการสังเคราะห์ ทำให้สามารถควบคุมปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายาและสารเคมีที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส หรือสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท เนื่องจากโครงสร้างอินโดลที่มีศักยภาพในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้ดี