6-Fluoro-1H-indol-5-ol ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาใหม่ที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท เช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล เนื่องจากแกนอินโดลซึ่งเป็นลักษณะทั่วไปในตัวแทนจิตเภสัชวิทยาหลายชนิด นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษากิจกรรมของตัวรับเซโรโทนิน ช่วยในการค้นพบการรักษาใหม่สำหรับภาวะอารมณ์ที่เกี่ยวข้อง การแทนที่ด้วยฟลูออรีนเพิ่มความสามารถในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในเคมียารักษา