5-(Aminomethyl)indole ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติทางระบบประสาท ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารกระตุ้นและตัวยับยั้งตัวรับเซโรโทนิน ซึ่งมีความสำคัญต่อการรักษาโรคเช่น ภาวะซึมเศร้า ความวิตกกังวล และไมเกรน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างอนุพันธ์อินโดลที่ซับซ้อน ซึ่งมีศักยภาพในการประยุกต์ใช้ในเคมียารักษาและการค้นพบยา บทบาทของมันในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพทำให้มีคุณค่าในการศึกษากลไกทางชีเคมีและยารักษา