6-Trifluoromethylisatin เป็นสารเคมีที่นิยมใช้ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีกลุ่ม Trifluoromethyl ช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของสาร นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีเพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่าง ๆ เช่น โรคมะเร็ง โรคติดเชื้อ และโรคทางระบบประสาท เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพได้ดี อีกทั้งยังมีการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อผลิตสารตั้งต้น (intermediates) สำหรับการสังเคราะห์ยาและสารออกฤทธิ์อื่น ๆ ที่มีความซับซ้อนและเฉพาะทางมากขึ้น