6-คลอโรอิซาทินถูกนำมาใช้ในหลายด้านของการวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ มันเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการผลิตสารประกอบต่าง ๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค เช่น สารต้านมะเร็ง สารต้านเชื้อแบคทีเรีย และสารต้านไวรัส นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการพัฒนายาใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงและมีผลข้างเคียงน้อย 6-คลอโรอิซาทินยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษากลไกการเกิดปฏิกิริยาเคมีและพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น