6-CHLORO-5-IODOINDOLE เป็นสารเคมีที่ใช้ในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างสารตั้งต้นสำหรับการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีทั้งหมู่คลอรีนและไอโอดีนที่ตำแหน่งเฉพาะ จึงทำให้เป็นสารกลางที่สำคัญในการทำปฏิกิริยาเคมีต่างๆ เช่น ปฏิกิริยา cross-coupling และการแทนที่หมู่ไอโอดีนด้วยหมู่ฟังก์ชันอื่นๆ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในด้านเคมีวัสดุ โดยเฉพาะการพัฒนาสารเรืองแสงหรือสารเซ็นเซอร์ที่มีความไวสูง