6-Chloro-5-nitro-1H-indole ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านการวิจัยทางเคมีและชีววิทยา โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน มันมักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารประกอบอินโดลชนิดอื่นๆ ที่มีศักยภาพในการใช้งานทางยา นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการพัฒนายาใหม่ๆ โดยเฉพาะยาที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียหรือต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการออกฤทธิ์ได้ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษากลไกทางชีวเคมีและปฏิกิริยาต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับสารประกอบอินโดล