6-Chloro-4-fluoro-1H-indole เป็นสารเคมีที่นิยมใช้ในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีโครงสร้างอินโดล ซึ่งมักพบในยารักษาโรคต่าง ๆ เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส หรือยาที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาท นอกจากนี้ ยังอาจถูกนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เพื่อศึกษาประสิทธิภาพและกลไกการออกฤทธิ์ของสารประกอบอินโดลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ