6-Chloro-3H-indole ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีความเป็นเอกลักษณ์ ทำให้มันเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ ในด้านเภสัชกรรม มันถูกใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาต้านมะเร็งและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการออกฤทธิ์ต่อเซลล์มะเร็งหรือเชื้อไวรัสได้ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในการพัฒนายาที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาท เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้าหรือยาลดความวิตกกังวล ในอุตสาหกรรมเคมี 6-Chloro-3H-indole ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมและสารเรืองแสง ซึ่งมีประโยชน์ในกระบวนการผลิตวัสดุที่ต้องการคุณสมบัติเฉพาะทางแสง เช่น วัสดุสำหรับการตรวจสอบทางชีวภาพหรือเซ็นเซอร์ นอกจากนี้ ยังมีการวิจัยเพื่อนำไปใช้ในด้านเกษตรกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืชหรือสารป้องกันศัตรูพืช ซึ่งอาจช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการเพาะปลูกและลดการใช้สารเคมีที่เป็นอันตรายต่อสิ่งแวดล้อม