สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้เป็นหลักในสาขาเคมีเภสัชกรรมในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งหมู่แทนที่ฟลูออรีนและไอโอดีน ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช นักวิจัยมักใช้ในการออกแบบลิแกนด์ตัวรับ เช่น โมดูเลเตอร์ของตัวรับเซโรโทนิน ซึ่งมีความสำคัญในการรักษาโรคเช่น ภาวะซึมเศร้า ความวิตกกังวล และโรคจิตเภท นอกจากนี้ แกนอินโดลที่ถูกฮาโลเจนแทนที่ยังถูกสำรวจในการพัฒนาเภสัชภัณฑ์รังสี ซึ่งอะตอมไอโอดีนสามารถถูกแทนที่ด้วยไอโซโทปกัมมันตรังสีสำหรับการถ่ายภาพวินิจฉัยหรือการบำบัดมะเร็งแบบกำหนดเป้าหมาย ความหลากหลายของมันยังขยายไปสู่การวิจัยทางเกษตรเคมี ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพในการเป็นยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืช