6-Fluoro-3-methyl-1H-indole ถูกนำไปใช้ในหลายด้านของอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีลักษณะเฉพาะ ทำให้มันเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตยาและสารเคมีทางการเกษตร ในด้านเภสัชกรรม สารนี้มักถูกใช้เป็นส่วนประกอบในการพัฒนายาใหม่ๆ โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทและจิตเวช เนื่องจากโครงสร้างของ indole สามารถจับกับตัวรับในสมองได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพอีกด้วย ในอุตสาหกรรมเคมี 6-Fluoro-3-methyl-1H-indole ถูกใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน ซึ่งสามารถนำไปต่อยอดในการผลิตสารเคมีอื่นๆ ที่มีความสำคัญทางอุตสาหกรรม นอกจากนี้ ยังมีการวิจัยเพื่อนำสารนี้ไปใช้ในด้านวัสดุศาสตร์ เช่น การพัฒนาวัสดุที่มีคุณสมบัติพิเศษทางแสงหรือไฟฟ้า ซึ่งอาจนำไปสู่การสร้างอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์รุ่นใหม่ในอนาคต