6-(Trifluoromethyl)-1H-indole-3-carbonitrile ใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง กลุ่ม trifluoromethyl ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ นอกจากนี้ ยังเป็นสารตั้งต้นในสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับสร้างสารประกอบ heterocyclic ที่ซับซ้อน