5-Nitro-2-phenyl-1H-indole ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนาเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรกรรม ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ เช่น สารต้านการอักเสบหรือสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาอนุพันธ์ของอินโดล ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษาเนื่องจากคุณสมบัติทางเภสัชวิทยาที่หลากหลาย หมู่ไนโตรของสารนี้ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่เหมาะสมสำหรับการดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติม เพื่อสร้างสารใหม่สำหรับการค้นพบและพัฒนายา