5-Bromo-6-iodo-1H-indole ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบอินโดลที่ซับซ้อน ซึ่งเป็นโครงสร้างพื้นฐานที่สำคัญในหลายๆ ยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้ยังถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในปฏิกิริยาการเชื่อมต่อข้าม (cross-coupling reactions) เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura และ Heck reaction เพื่อสร้างสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการพัฒนายา นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการประยุกต์ใช้ในด้านเคมีอินทรีย์สังเคราะห์เพื่อพัฒนาวิธีการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนและคาร์บอน-เฮเทอโรอะตอม ซึ่งเป็นกระบวนการสำคัญในการออกแบบโมเลกุลยาที่มีประสิทธิภาพ