5-Bromo-6-methoxy-1H-indole ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับสารประกอบที่ซับซ้อนมากขึ้น มักถูกใช้ในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างยาที่มีฐานอินดอล์ที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช โครงสร้างของมันทำให้เป็นสารกลางที่มีค่าในการสังเคราะห์ตัวรับเซโรโทนินแบบกระตุ้นและยับยั้ง ซึ่งสำคัญในการรักษาโรคเช่น ภาวะซึมเศร้า ความวิตกกังวล และไมเกรน นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษากิจกรรมทางชีวภาพของอนุพันธ์อินดอล์และการประยุกต์ใช้ทางรักษาที่เป็นไปได้ กลุ่มโบรมีนและเมทอกซีของมันเพิ่มความตอบสนอง ทำให้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่หลากหลายในเคมียารักษา