5-Cyanoindole-1-acetic acid เป็นสารเคมีที่ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารประกอบชีวภาพ มีบทบาทเป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาที่มีฐานอินโดล ซึ่งสำคัญในการรักษาโรคทางระบบประสาทและจิตเวช หมู่ไซยาโนของมันเพิ่มปฏิกิริยา ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโครงสร้างเฮเทอโรไซคลิก นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการโต้ตอบของเอนไซม์และการจับกับตัวรับ เนื่องจากโครงสร้างที่คล้ายกับอนุพันธ์อินโดลจากธรรมชาติ