5-Chloro-6-methoxy-1H-indole เป็นสารเคมีที่ใช้ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทและจิตเวช สารนี้มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการผลิตสารประกอบอินโดล (indole derivatives) ซึ่งมีศักยภาพในการออกฤทธิ์เป็นยาต้านเศร้า ยาต้านอาการวิตกกังวล หรือยารักษาโรคทางระบบประสาทอื่น ๆ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในงานวิจัยด้านเคมีเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความปลอดภัยสูงขึ้น